Las entidades cívicas secesionistas defienden que la amnistía borre exclusivamente los delitos cometidos por los políticos o activistas secesionistas, pero no los que puedan haber cometido los policías encausados por las cargas del 1 de octubre de 2017. Los dos colectivos cívicos más destacados, Òmnium Cultural y la Asamblea Nacional Catalana (ANC), así como la organización de Derechos Humanos de extrema izquierda Irídia, han presentado un escrito al juzgado de instrucción número 7 de Barcelona demandando que no se aplique la amnistía a los 46 agentes nacionales investigados por lesiones durante el referéndum ilegal de 2017.
Y es que, en contra del criterio de la Fiscalía, que ha solicitado que dichos agentes se beneficien de la medida de gracia al tratarse delitos de lesiones o maltratos leves, los colectivos nacionalistas afirman que la «brutalidad policial» desplegada aquel día es incompatible con el Convenio para la Protección de los Derechos Humanos y de las Libertades Fundamentales. Según sus argumentos, la actuación policial no puede ser incluida en la amnistía aprobada por el Ejecutivo socialista porque representa delitos de tortura o tratos inhumanos o degradantes —que el artículo 2 de la ley de amnistía deja fuera—.